Gespielt von: Avery Brooks
Letzter Rang: Commander
Voller Name: Benjamin Lafayette Sisko

Der kommandierende Offizier der Sternenflotte an Bord von DS9 ist Benjamin Sisko, ein auf der Erde geborener Farbiger. Er ist Baseball-Fan, einfühlsam und kurzangebunden in seinem Kommandostil. Sisko hatte eine Frau, Jennifer, die er bei dem Angriff der Borg bei Wolf 359 verloren hat. Sisko war zu jenem Zeitpunkt im dritten Jahr Erster Offizier der U.S.S. Saratoga, die bei dem Angriff vollständig zerstört wurde. Sisko macht Captain Picard mitverantwortlich für den Tod seiner Frau, da dieser als Locutus die Borg geleitet hatte. Nach der Zerstörung des Borgschiffes geht Sisko mit seinem zwölfjährigen Sohn Jake für drei Jahre zu den "Utopia Planetia Fleet Yards" auf dem Mars, um dort beim Wiederaufbau der Flotte zu helfen.

Das Kommando über DS9 nimmt Sisko nur widerwillig an, er hat ausdrücklich um einen Posten auf der Erde gebeten, da er seinen Sohn allein aufziehen muß. Sein ganzes Leben wird immer noch von seiner Frau und deren Tod überschattet, und erst die verantwortungsvollen Aufgaben, die auf DS9 auf ihn warten, helfen ihm, sich in seinem neuen Leben zurechtzufinden. Gleich bei seinem Eintreffen auf DS9 erfährt Sisko, daß er laut Prophezeiung der Abgesandte der bajoranischen Propheten ist.

Mit der Rolle als lebende religiöse Ikone kann er sich zunächst nicht anfreunden, hat dieses anfängliche Unwohlsein aber abgelegt und fühlt sich mittlerweile sehr wohl.

Da er unter dem Tod seiner Frau sehr leidet, geht Sisko lange Zeit keine Bindungen ein, bis er Cassidy Yates begegnet, mit der er enger befreundet ist. Sein Sohn Jake lebt mit ihm auf der Station, und die beiden haben ein sehr gutes Verhältnis zueinander.

Als Captain ist Sisko kompromisslos und hart zu sich selbst. Er verlangt von seiner Crew häufig alles, aber durch seinen guten Führungsstil geht sie mit ihm durch Dick und Dünn. Er hat ein hervoragendes taktisches Gespür, gutes technisches Verständnis und enorme Ausstrahlung.

Zu seinen Freunden zählte vor allem Jadzia Dax, da er bereits ihren vorigen Wirt, Curson, kannte.